COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-19 17:00:00 16.313776 16.313776 13.804716
2021-02-18 17:00:00 14.042714 14.042714 13.834179
2021-02-17 17:00:00 12.655123 12.655123 13.789619
2021-02-16 17:00:00 12.301606 12.301606 13.738161
2021-02-15 17:00:00 12.560230 12.560230 13.764111
2021-02-14 17:00:00 13.587370 13.587370 13.837613
2021-02-13 17:00:00 14.393295 14.393295 13.886119

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-19 17:00:00 20.000000 12.170485 11.056981
2021-02-18 17:00:00 11.185890 11.185890 11.113511
2021-02-17 17:00:00 10.443491 10.443491 10.922560
2021-02-16 17:00:00 12.563710 12.563710 10.674435
2021-02-15 17:00:00 3.670041 12.536752 10.328826
2021-02-14 17:00:00 6.230704 6.230704 10.218028
2021-02-13 17:00:00 11.616739 11.616739 10.218199

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-19 17:00:00 13.478692 14.568966 16.006024
2021-02-18 17:00:00 13.619632 20.108696 16.219796
2021-02-17 17:00:00 11.409396 15.917603 16.459834
2021-02-16 17:00:00 14.492754 14.492754 16.606695
2021-02-15 17:00:00 12.946429 16.385768 16.652527
2021-02-14 17:00:00 14.829659 14.829659 16.702680
2021-02-13 17:00:00 13.815789 13.815789 16.505379

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-19 17:00:00 8.903421 8.903421 7.452246
2021-02-18 17:00:00 8.345902 8.345902 7.417963
2021-02-17 17:00:00 7.465964 7.465964 7.471069
2021-02-16 17:00:00 5.990099 5.990099 7.472913
2021-02-15 17:00:00 9.384164 5.936920 7.396641
2021-02-14 17:00:00 7.420147 7.420147 7.247797
2021-02-13 17:00:00 9.697218 9.697218 7.246095

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-19 17:00:00 14.312284 14.312284 13.035691
2021-02-18 17:00:00 12.093488 12.093488 13.088404
2021-02-17 17:00:00 12.648571 12.648571 13.068265
2021-02-16 17:00:00 17.466913 13.124284 13.190042
2021-02-15 17:00:00 14.721122 13.520528 13.474637
2021-02-14 17:00:00 11.449182 11.449182 13.856337
2021-02-13 17:00:00 13.677550 13.677550 14.047050

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-19 17:00:00 36.260454 28.663879 24.722926
2021-02-18 17:00:00 27.043373 27.043373 24.831247
2021-02-17 17:00:00 17.860254 17.860254 24.901940
2021-02-16 17:00:00 16.473792 16.473792 25.009967
2021-02-15 17:00:00 42.279635 27.406167 25.146402
2021-02-14 17:00:00 28.347975 28.347975 25.453238
2021-02-13 17:00:00 29.795755 29.795755 25.631920

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-19 17:00:00 13.976555 13.976555 12.027485
2021-02-18 17:00:00 10.405083 10.405083 12.312490
2021-02-17 17:00:00 11.863199 11.863199 12.373001
2021-02-16 17:00:00 10.699588 10.699588 12.415595
2021-02-15 17:00:00 9.638554 11.773347 12.553245
2021-02-14 17:00:00 11.446741 11.446741 12.737158
2021-02-13 17:00:00 13.901869 13.901869 13.051423

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-19 17:00:00 6.075110 6.075110 5.492354
2021-02-18 17:00:00 5.994152 5.994152 5.565242
2021-02-17 17:00:00 5.489380 5.489380 5.586668
2021-02-16 17:00:00 4.687992 4.687992 5.536455
2021-02-15 17:00:00 9.615385 4.426841 5.494376
2021-02-14 17:00:00 5.309793 5.309793 5.518117
2021-02-13 17:00:00 6.149919 6.149919 5.497393

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-19 17:00:00 10.103245 10.103245 10.711661
2021-02-18 17:00:00 10.943644 12.836280 10.829103
2021-02-17 17:00:00 10.058594 11.932806 11.032834
2021-02-16 17:00:00 8.493467 8.493467 11.108279
2021-02-15 17:00:00 13.739377 7.627285 11.271344
2021-02-14 17:00:00 15.792507 10.916335 11.746379
2021-02-13 17:00:00 12.101654 12.101654 12.082918

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-19 17:00:00 23.476013 21.582224 21.121915
2021-02-18 17:00:00 21.926796 21.926796 21.079238
2021-02-17 17:00:00 19.450877 19.450877 21.057179
2021-02-16 17:00:00 21.596842 21.596842 21.127048
2021-02-15 17:00:00 18.518519 18.518519 21.080226
2021-02-14 17:00:00 20.438181 20.438181 20.943278
2021-02-13 17:00:00 22.690583 22.690583 20.948089

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-19 17:00:00 15.606012 15.606012 12.240261
2021-02-18 17:00:00 10.652783 15.582894 12.342979
2021-02-17 17:00:00 13.522825 13.522825 12.273726
2021-02-16 17:00:00 9.248748 9.248748 12.040708
2021-02-15 17:00:00 21.297837 3.811793 11.996129
2021-02-14 17:00:00 14.460285 14.460285 12.023794
2021-02-13 17:00:00 10.427394 10.427394 12.052508

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-19 17:00:00 13.652695 13.652695 9.741135
2021-02-18 17:00:00 13.209220 13.209220 9.705342
2021-02-17 17:00:00 9.950249 9.950249 9.527327
2021-02-16 17:00:00 2.405498 0.795455 9.353909
2021-02-15 17:00:00 12.023460 12.023460 9.395500
2021-02-14 17:00:00 8.811959 8.811959 9.488162
2021-02-13 17:00:00 8.295455 8.295455 9.523082

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-19 17:00:00 89.267462 89.267462 74.042611
2021-02-18 17:00:00 71.556886 71.556886 75.382811
2021-02-17 17:00:00 69.551777 69.551777 77.880786
2021-02-16 17:00:00 155.371901 88.958991 80.061058
2021-02-15 17:00:00 52.475248 33.650794 81.693594
2021-02-14 17:00:00 62.302839 62.302839 82.177928
2021-02-13 17:00:00 97.603834 97.603834 84.203824

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-19 17:00:00 77.575758 77.575758 77.062816
2021-02-18 17:00:00 95.424837 95.424837 75.941539
2021-02-17 17:00:00 73.349057 73.349057 76.304055
2021-02-16 17:00:00 69.395018 69.395018 75.337008
2021-02-15 17:00:00 16.560510 79.727428 73.541341
2021-02-14 17:00:00 67.338710 67.338710 72.575810
2021-02-13 17:00:00 66.935484 66.935484 72.326316

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-19 17:00:00 17.231378 17.231378 14.602663
2021-02-18 17:00:00 14.069082 14.069082 14.327879
2021-02-17 17:00:00 13.108256 13.108256 14.030109
2021-02-16 17:00:00 13.279366 13.279366 13.709813
2021-02-15 17:00:00 15.363031 15.363031 13.345271
2021-02-14 17:00:00 13.725000 13.725000 13.289833
2021-02-13 17:00:00 13.358302 13.358302 13.224368

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-19 17:00:00 22.290232 22.290232 21.013075
2021-02-18 17:00:00 20.327553 20.327553 21.920042
2021-02-17 17:00:00 22.297980 22.297980 22.283978
2021-02-16 17:00:00 15.139616 15.139616 22.221571
2021-02-15 17:00:00 17.903477 21.946857 22.798626
2021-02-14 17:00:00 56.264412 18.735603 23.518847
2021-02-13 17:00:00 26.884780 26.884780 23.925781

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-19 17:00:00 2.328042 2.328042 4.160047
2021-02-18 17:00:00 6.765900 6.765900 4.184044
2021-02-17 17:00:00 4.890085 4.890085 4.337934
2021-02-16 17:00:00 2.929427 2.929427 4.330472
2021-02-15 17:00:00 4.096562 4.096562 4.374785
2021-02-14 17:00:00 5.303514 5.303514 4.583869
2021-02-13 17:00:00 3.717949 3.717949 4.698076

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-19 17:00:00 8.092698 8.092698 9.076245
2021-02-18 17:00:00 8.450704 8.450704 9.354281
2021-02-17 17:00:00 8.570923 8.570923 9.604944
2021-02-16 17:00:00 11.038502 11.038502 9.908736
2021-02-15 17:00:00 8.266932 8.942493 10.119820
2021-02-14 17:00:00 13.030468 8.810006 10.384806
2021-02-13 17:00:00 10.659600 10.659600 10.707042

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-19 17:00:00 8.340103 8.340103 7.137176
2021-02-18 17:00:00 8.396276 8.396276 7.096837
2021-02-17 17:00:00 7.681606 7.681606 7.064528
2021-02-16 17:00:00 5.905826 4.645323 7.013595
2021-02-15 17:00:00 9.607183 4.497688 7.095238
2021-02-14 17:00:00 7.702932 7.702932 7.197912
2021-02-13 17:00:00 7.580117 7.580117 7.309815

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-19 17:00:00 28.693994 28.693994 28.572611
2021-02-18 17:00:00 32.254803 32.254803 28.068059
2021-02-17 17:00:00 34.245504 34.245504 27.730510
2021-02-16 17:00:00 20.656028 20.656028 27.510714
2021-02-15 17:00:00 64.497041 27.343750 26.667017
2021-02-14 17:00:00 25.325239 25.325239 26.445376
2021-02-13 17:00:00 25.840179 25.840179 26.139403

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-19 17:00:00 4.597701 8.290155 8.318373
2021-02-18 17:00:00 11.224490 11.224490 8.395847
2021-02-17 17:00:00 14.736842 9.473684 8.343237
2021-02-16 17:00:00 3.225806 4.210526 8.661887
2021-02-15 17:00:00 37.500000 9.574468 9.002831
2021-02-14 17:00:00 4.629630 4.629630 9.207937
2021-02-13 17:00:00 9.473684 9.473684 9.504258

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-19 17:00:00 inf 25.057208 22.708527
2021-02-18 17:00:00 30.647059 19.323529 22.886819
2021-02-17 17:00:00 17.342263 17.342263 23.247756
2021-02-16 17:00:00 24.557352 24.557352 23.560847
2021-02-15 17:00:00 17.007763 25.149477 23.464829
2021-02-14 17:00:00 22.489083 22.489083 23.561676
2021-02-13 17:00:00 26.039305 26.039305 23.921535

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 20.000000 12.170485 11.056981
Basilicata 13.478692 14.568966 16.006024
Calabria 8.903421 8.903421 7.452246
Campania 14.312284 14.312284 13.035691
Emilia-Romagna 36.260454 28.663879 24.722926
Friuli Venezia Giulia 13.976555 13.976555 12.027485
Lazio 6.075110 6.075110 5.492354
Liguria 10.103245 10.103245 10.711661
Lombardia 23.476013 21.582224 21.121915
Marche 15.606012 15.606012 12.240261
Molise 13.652695 13.652695 9.741135
P.A. Bolzano 89.267462 89.267462 74.042611
P.A. Trento 77.575758 77.575758 77.062816
Piemonte 17.231378 17.231378 14.602663
Puglia 22.290232 22.290232 21.013075
Sardegna 2.328042 2.328042 4.160047
Sicilia 8.092698 8.092698 9.076245
Toscana 8.340103 8.340103 7.137176
Umbria 28.693994 28.693994 28.572611
Valle d'Aosta 4.597701 8.290155 8.318373
Veneto inf 25.057208 22.708527

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

Exported from Italia/Percent_Positive.ipynb committed by maxdevblock on Fri Feb 19 17:10:54 2021 revision 200, 219dd1b